Das Zisterzienserstift Hohenfurth wurde im Jahr 1259 vom Witigonen Wok I. von Rosenberg, Höchster Marschall des Königreiches Böhmen und Hauptmann von Österreich, der Steiermark und Kärnten, mit Hilfe von Mönchen aus dem Zisterzienserstift Wilhering gegründet. Wok I. soll von der Burg Rosenberg an den Standort des heutigen Stiftes geritten sein, um dort in einer Kapelle zu beten. Dabei geriet er beim Durchqueren der Moldau in Lebensgefahr. Durch die Fürbitte zur Jungfrau Maria soll er gerettet worden sein. Aus Dankbarkeit dafür soll er das Kloster gestiftet haben.

In der Kirche befindet sich die heute unzugängliche Familiengruft der Rosenberger. Hier sind, in mehreren Räumen, 40 Mitglieder der Familie Rosenberg begraben. In einer Seitenkapelle ruht Johann von Zriny, ein Neffe des letzten Rosenbergers, Peter Wok († 6. November 1611), und im Kapitelsaal soll das Haupt des Rosenbergers Zawisch von Falkenstein (enthauptet 1290) eingemauert sein.

Das Kloster wurde zwar nie zerstört, jedoch hat seine bauliche Substanz wiederholt stark gelitten. Die Hussiten steckten im Jahr 1422 das Dach in Brand und im Jahr 1536 zerstörte ein Feuer das Inventar. Im 19. und im 20. Jahrhundert vor dem II. Weltkrieg erlebte das Kloster eine Blütezeit. Im Jahr 1938 gehörten zum Kloster 73 Mönche.

Am 17. April 1941 besetzte die Linzer Gestapo das Kloster und erklärte dessen Aufhebung. Am 18. Juni 1945 kehrte der damalige Abt, P. Tecelin Jaksch, aus dem Exil im Zisterzienserinnenkloster Porta Coeli bei Brünn ins Kloster Hohenfurth zurück. Am 4. Mai 1950, als alle deutschsprachigen Mitbrüder schon vertrieben worden waren, wurde das Kloster von der kommunistischen Regierung der Tschechoslowakei aufgehoben. Ein großer Teil der deutschsprachigen Mitbrüder war im Stift Rein bei Graz aufgenommen worden. Abt Tecelin Jaksch wurde dort 1949 Abtadministrator. Am 14. September 1990 wurde das Kloster Hohenfurth, in dem sich zwei tschechische Mitbrüder eingefunden hatten, kirchenrechtlich wiedererrichtet.